没有绝对的好坏之分，需要结合具体症状和身体情况选择，适合自己的才是更好的。
1. 作用范围和机制不同
吗丁啉的主要成分是多潘立酮，属于外周多巴胺受体拮抗剂，主要作用就是促进胃排空，只针对胃部的动力问题起作用，对肠道蠕动没有明显影响。莫沙必利是选择性5-羟色胺受体激动剂，能促进从胃到肠道整个消化道的蠕动，属于全胃肠动力药。
2. 适用场景不同
吗丁啉更适合单纯性胃动力不足引起的问题，比如吃多了不消化、饭后上腹胀堵、反流性胃炎引起的胃部不适，或者偶尔出现的恶心呕吐症状，只需要调节胃部动力的时候选它更对症。莫沙必利适合不仅有胃动力不足，还伴随肠道蠕动慢的情况，比如功能性消化不良同时有便秘、糖尿病胃轻瘫，或者反流性食管炎合并肠道动力不足，想要调节整个消化道状态的时候用它更合适。
3. 安全性有差异
吗丁啉临床应用中发现它可能存在QT间期延长的风险，本身有心脏基础疾病的中老年人需要谨慎使用，也不建议长期大剂量服用，少数人还可能出现泌乳素升高的问题。莫沙必利的不良反应相对更少，一般不会影响心脏和内分泌，按需使用的安全性更高，只有少数人用药初期会出现轻微的腹痛、腹泻，大多可以自行缓解。