莲藕炖排骨汤变黑主要是莲藕氧化、锅具发生化学反应或是莲藕变质导致，排除变质情况后一般不影响食用。
1，多酚氧化反应导致变色。莲藕本身含有大量多酚类物质和鞣质，切开后如果没有及时泡入水中隔绝空气，这些物质接触氧气后会发生氧化反应，生成深色的氧化物，很容易把整锅汤染成黑褐色，一般淀粉含量高的老藕多酚含量更高，比嫩藕更容易出现发黑的情况。
2，锅具发生化学反应导致变黑。如果煮制时使用了铁锅，或是纯度较低的不锈钢锅，莲藕中的鞣酸会和锅中析出的铁离子发生反应，生成黑色的鞣酸铁沉淀，会直接让汤和莲藕都变成黑色。
3，莲藕变质引发发黑。如果莲藕存放不当已经发生霉变、腐败变质，本身的结构被微生物破坏分解，也会让炖出来的汤发黑，这种情况一般还会伴随酸败异味、莲藕发黏发臭的问题，这种发黑的汤不能继续食用。