并非所有肠易激综合症患者都存在肠道菌群失调。
1，肠易激综合症本身是多因素共同作用引发的功能性肠病，肠道菌群失调只是可能的诱发因素之一，并不是发病的必备条件。除了菌群异常之外，内脏高敏感性、胃肠动力紊乱、肠道感染后炎症残留、长期精神焦虑压力过大、遗传易感性等，都可以单独或共同诱发肠易激综合症发作。
2，从临床研究数据来看，目前国内外统计仅40%~60%的肠易激综合症患者可检测出明确的肠道菌群组成异常，剩下近半数患者的肠道菌群丰度、结构都和健康人群没有显著差异，并不会出现菌群失调的问题。
3，临床上没有菌群失调的肠易激病例十分常见，比如长期高压状态下诱发的腹泻型肠易激、先天性内脏敏感引发的便秘型肠易激，这类患者调整情绪、改善生活状态就能明显缓解症状，不需要进行针对性调菌群治疗，也能侧面说明肠易激不都伴随菌群失调。