菌群失调和菌群紊乱本质上是同一病理状态的不同叫法，不存在本质区别，都是指人体特定部位原本稳定平衡的正常菌群状态被打破引发的微生态异常。
1. 两者仅在描述习惯上有细微差别，很多时候会直接混用。通常菌群紊乱更偏向描述菌群状态偏离正常平衡的结果，菌群失调更多用来指代已经引发功能异常的病理阶段，临床不会特意把二者划分为完全不同的两种问题，很多时候写病历都会换着用。
2. 引发二者的诱因完全一致，最常见的诱因是不规范长期使用广谱抗生素，会不分好坏杀灭体内原有菌群，打破平衡。除此之外，长期高糖高油的不良饮食习惯、年龄增长导致的菌群活力下降、免疫功能异常、长期服用激素或免疫抑制剂、放化疗治疗等，都可能引发菌群状态异常。
3. 不同部位的菌群失衡会引发不同症状，最常见的是肠道菌群失衡，会引发反复腹泻、便秘、消化不良，长期得不到纠正还可能影响免疫力、血糖血脂代谢甚至情绪状态；发生在阴道会引发细菌性阴道病等阴道炎症，发生在口腔则可能引发口臭、牙周炎等问题。应对核心都是先去除诱因，比如停掉不必要的抗生素，再通过补充益生菌、多吃富含膳食纤维的全谷物蔬果帮助菌群重新恢复平衡。