服用抗生素后更快数小时就会对肠道菌群产生影响，具体影响程度和持续时长会因抗生素类型、服用时长、个人基础菌群状态存在差异。
1. 短期影响阶段：通常服用抗生素12到24小时内，肠道内的敏感菌群就会开始被抑制或杀灭，比如常见的双歧杆菌、乳酸杆菌等有益菌数量会快速下降，部分条件致病菌可能因为竞争减少出现短暂增殖，这时候不少人会出现轻微腹胀、大便性状改变的情况，只是早期变化比较隐匿，很多人不会立刻联想到菌群紊乱。
2. 中期紊乱阶段：如果连续服用抗生素3到7天，肠道菌群的多样性会明显下降，菌群结构失衡的表现会更突出，比如腹泻、便秘交替，或者食欲下降、口腔异味等，这个阶段的紊乱程度和抗生素的抗菌谱有关，广谱抗生素比如头孢类、喹诺酮类的影响会比窄谱抗生素更明显，儿童和老人因为本身菌群稳定性差，紊乱表现可能会更严重。
3. 恢复阶段：停用抗生素后，轻度紊乱的人群一般2到4周左右肠道菌群能逐步恢复到接近之前的状态，但如果服用抗生素超过2周，或者本身有基础肠道疾病，可能需要1到3个月甚至更久才能恢复，还有少数人可能会出现长期的菌群失调，反复出现肠道不适症状。