松子呈现两种不同颜色，是品种差异、成熟度区别以及加工处理方式不同共同造成的。
1. 品种基因差异导致天生颜色不同。目前市面常见的松子主要分两类，东北红松子是国内产量z大的品种，天生种皮色素含量高，多为深褐或黑褐色；巴西松子等外来品种，天生种皮色素少，自然呈现浅棕或淡黄褐色，这是最常见的两种颜色来源。
2. 同一品种的成熟度不同也会产生颜色差。哪怕是同一棵树结的松子，采摘时间不同成熟度不一样，未完全成熟就提前采摘的松子，种皮还没完成天然色素沉积，颜色就会偏浅；完全自然成熟的松子，色素沉积充分，颜色就会更深更均匀。
3. 加工处理方式会改变松子原本的颜色。不少商家为了提升卖相，会对原本深色的松子进行漂洗、轻度脱色处理，处理后的松子颜色会明显变浅；而保留原生状态售卖的松子，就会保持本身的自然深色，另外不同的炒制、烘焙方式也会让种皮发生不同程度的氧化变色，最终形成明显色差。