消化道重建后大多会遗留不同程度的后遗症，主要和手术改变了消化道原有解剖结构、打乱了正常消化生理功能有关，轻重程度因人而异，多数可通过饮食调理或药物干预缓解，少数会长期影响生活质量。
1. 消化吸收功能紊乱
这是最常见的后遗症，重建后肠胃容量缩小、消化腺分泌功能受手术影响，很多人会出现吃一点就饱、反复腹胀腹泻的情况，尤其是吃了高脂、高糖食物后不适会更明显，长期消化吸收不好还会引发体重下降、营养不良，部分人会慢慢出现缺铁性贫血、骨量流失等问题。
2. 反流性黏膜损伤
原有消化道的抗反流屏障（比如贲门、幽门结构）会在手术中被破坏，重建后很难恢复原本的抗反流功能，容易出现胆汁、肠液或者胃内容物反流，引发反流性食管炎、残胃炎，患者常会有烧心、胸痛、咽喉异物感，长期反复的炎症刺激还会增加黏膜异常增生的风险。
3. 粘连与排空异常
术后腹腔内的手术创面容易形成粘连，轻症只是偶尔出现腹部隐痛，严重时会引发粘连性肠梗阻，出现剧烈腹痛、停止排气排便的急症；另外不少患者还会出现倾倒综合征，就是进食后食物快速倾倒进入小肠，刺激身体出现头晕、心慌、出虚汗、乏力、腹泻等不适，多在餐后半小时到一小时内发作。