健康成年人的肠道菌群没有绝对固定的统一比例，目前公认的大致比例为有益菌约占90%，条件致病菌占比不足10%，致病菌占比通常低于1%，该比例会随年龄、饮食、生活习惯等因素发生波动。
1，有益菌是健康人肠道的优势菌群，核心类群主要是双歧杆菌、乳酸杆菌、嗜黏蛋白阿克曼菌这类，这类细菌参与食物消化、维生素合成、肠道屏障保护等多项核心生理活动，占肠道总菌群的90%左右，是维持肠道健康的基础。
2，条件致病菌是肠道的常在中间类群，常见的有大肠杆菌、肠球菌、克雷伯菌等，这类细菌在肠道菌群平衡时占比不到10%，并不会引发健康问题，还会参与部分代谢活动，一旦菌群平衡被打破，它们就会过度增殖转为致病状态。
3，致病菌属于非定植的有害类群，大多经污染的饮食、接触等途径进入肠道，健康状态下占比通常不到1%，会被优势的有益菌压制无法大量繁殖，不会对健康造成影响，一旦进入体内的致病菌数量超标，或者有益菌占比大幅下降，就会引发腹痛、腹泻等肠道感染问题。