健康人体肠道的主要菌群可分为三大类，分别是有益菌、条件致病菌和有害菌。
1. 有益菌
这类菌群是健康成年人肠道内的优势菌群，占肠道总菌群的90%以上，比较常见的有双歧杆菌、乳杆菌、嗜热链球菌等。它们不仅能帮助人体分解难以消化的膳食纤维、合成B族维生素、维生素K等人体必需的营养物质，还能挤压有害菌的生存空间，保护肠黏膜屏障，对维持肠道正常蠕动、提升身体免疫力都有重要作用。
2. 条件致病菌
这类菌群本身在肠道内的占比不高，正常情况下会被有益菌制约，不会引发健康问题，还能参与部分肠道代谢活动，比较常见的有大肠杆菌、肠球菌等。但如果长期饮食不规律、免疫力下降，或是滥用抗生素打破了肠道菌群平衡，这类菌群就会趁机大量繁殖，变成致病菌，引发肠道炎症、腹泻腹痛等问题。
3. 有害菌
这类菌群是对身体健康有明确危害的菌群，大多是随不干净的食物、水进入肠道，正常情况下在肠道内占比极低，常见的有沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、肉毒杆菌等。如果饮食不当或是肠道屏障受损，有害菌大量繁殖后会产生多种毒素，干扰肠道正常代谢，甚至进入血液循环影响其他器官，增加肠道感染、代谢类疾病的发病风险。