肠道不吸收蛋白质最常见的疾病是蛋白质丢失性胃肠病，也可由乳糜泻、短肠综合征、炎症性肠病等其他影响肠道吸收功能的疾病继发引起。
1. 核心原发病为蛋白质丢失性胃肠病，这是一类以胃肠道蛋白质吸收障碍、异常丢失为核心表现的疾病统称，多由胃肠黏膜破损、肠道淋巴管回流受阻等原因引发，比如先天性小肠淋巴管扩张、胃肠道溃疡性病变、胃肠**、自身免疫病累及胃肠等，都会导致蛋白质无法正常被肠道吸收，还会让已经进入肠道的蛋白质大量漏出丢失，大多伴随低蛋白血症、全身水肿等典型表现。
2. 吸收结构受损类疾病，比较典型的是乳糜泻和短肠综合征。乳糜泻是患者对谷物中的麸质存在免疫过敏反应，会破坏小肠黏膜的正常绒毛结构，而小肠是蛋白质吸收的主要场所，绒毛受损后吸收功能大幅下降，就无法正常吸收蛋白质；短肠综合征多是手术切除了大范围小肠导致，肠道有效吸收面积大幅减少，也会出现明显的蛋白质吸收障碍。
3. 消化功能障碍类疾病，蛋白质需要先被分解为小分子氨基酸才能被肠道吸收，如果存在胰腺外分泌功能不足问题，比如慢性胰腺炎、胰腺切除术后，负责分解蛋白质的胰蛋白酶分泌不足，蛋白质无法被充分分解，最终也会表现出类似肠道不吸收蛋白质的情况；另外克罗恩病、溃疡性结肠炎这类炎症性肠病，长期肠道炎症会破坏黏膜屏障、降低肠道吸收功能，也会引发蛋白质吸收异常。