肠道功能失调的核心症状以排便异常和腹部不适为主，部分患者还会出现消化异常和全身层面的不适表现。
1. 排便习惯与性状异常，这是肠道功能失调最典型也最常见的症状，不同患者表现差异比较大：有些人表现为长期便秘，两三天甚至更久才排一次便，粪便干硬难以排出；有些人会反复出现不明原因的腹泻，大便多呈稀糊状，少数严重时会呈水样便；还有不少患者会出现便秘和腹泻交替发作的情况，部分人还会同时伴随排便不尽、肛门坠胀、总想排便又排不出来的里急后重感。
2. 腹部不适，大部分患者都会出现不同程度的腹胀、腹痛，疼痛大多不算剧烈，多为隐痛或是胀痛，位置也不固定，通常在吃了生冷刺激的食物、吃完饭之后，或是情绪紧张焦虑的时候不适感会加重，排气或者排便之后症状会明显缓解，还有部分人会经常感觉到肚子咕噜咕噜作响，出现肠鸣异常的表现。
3. 消化不良及全身伴随症状，肠道功能失调会直接影响食物的消化吸收，患者经常会出现食欲下降、饭后饱胀、打嗝反酸、恶心等消化不良的表现，长期消化吸收不好，还可能会出现体重轻度下降、全身乏力、营养不良等问题，而且肠道功能失调和情绪状态相互影响，很多患病时间久的患者，还会同时伴随焦虑烦躁、失眠多梦、情绪低落等精神方面的不适。