肠道不消化主要是不健康的饮食生活习惯、肠胃功能紊乱、肠胃或其他消化器官器质性病变三类因素导致的。
1 不健康的饮食习惯是最常见的诱发因素。如果长期吃高油、高糖、难咀嚼的硬质食物，或是经常暴饮暴食、吃饭狼吞虎咽，食物得不到充分研磨就进入肠道，会额外加重肠道消化负担；还有人长期膳食纤维摄入不足、经常吃生冷刺激的食物，也会打乱肠道正常的消化节奏，引发不消化。
2 肠胃动力或功能异常也会引发不消化。长期久坐不动、缺乏运动的人群，肠胃蠕动速度会更慢，食物在肠道内停留时间过长就容易出现消化不良；长期熬夜、精神压力过大、焦虑抑郁，会影响支配肠胃的植物神经功能，引发肠胃功能紊乱；年纪较大的人群肠胃消化功能会自然衰退，也更容易出现不消化的问题。
3 器质性病变或全身性疾病是长期反复不消化的常见原因。如果本身患有慢性胃炎、胃溃疡、慢性肠炎、肠道肿物这类肠胃病症，或是胆囊、胰腺等辅助消化的器官出了问题，比如慢性胆囊炎、慢性胰腺炎，会导致消化液分泌不足，没法正常分解食物；糖尿病、甲状腺功能减退这类全身性疾病，也会减慢肠胃蠕动，引发反复的肠道不消化。