鱼类不存在与陆生脊椎动物解剖结构完全对应的明确大小肠分化，仅能区分功能、形态近似大小肠的前后肠段，通常管腔较细的前肠对应小肠功能分区，管腔粗短的后肠对应大肠功能分区，可从三个维度完成区分。
1. 从外形结构区分。多数常见硬骨鱼类的肠道，食道之后的前段肠道管腔偏细、管壁薄、整体弯曲次数多，这就是功能上对应小肠的区段；靠近肛门的后段肠道管腔会明显变粗、管壁更厚、弯曲少、长度更短，这就是对应大肠的区段，比如常见的鲤鱼、草鱼，都能直接肉眼看出这个粗细分界。
2. 从生理功能区分。对应小肠的前细肠段是鱼类消化吸收营养的核心场所，不管肉食还是植食性鱼类，绝大多数食物的分解、氨基酸、脂肪等营养物质的吸收都在这里完成，和陆生动物小肠的作用一致；对应大肠的后粗肠段主要负责吸收食物残渣中的水分和无机盐，同时储存待排出的粪便，部分草食性鱼类的这一区段还会靠共生微生物发酵分解纤维素，功能和陆生大肠吻合。
3. 从组织学特征区分。把肠道做成切片观察就能发现，对应小肠的前段肠道黏膜褶皱更密集，上皮细胞的微绒毛更发达，还分布有大量能分泌消化酶的腺细胞，满足消化吸收的需求；对应大肠的后段肠道黏膜褶皱少且浅，微绒毛不发达，但是负责分泌粘液的杯状细胞占比更高，主要作用是润滑粪便，结构特征差异很明显。