泡竹笋发苦主要是本身带有的苦味物质未去除干净，或是加工、保存不当导致变质引起的。
1. 竹笋本身自带苦味物质，新鲜竹笋尤其是野生山竹笋，本身就含有草酸、氰苷这类天然带苦涩味的成分，如果泡发前没有经过焯水去涩处理，或是泡发时间太短，这些苦味物质没有充分溶解析出，泡好的竹笋吃起来就会发苦。
2. 加工环节处理不当带来苦味，不少市售的预包装泡竹笋，为了延长保质期、让外观更白净，会用硫磺熏蒸，残留的硫化物会让竹笋带有明显的苦涩味，家庭自制泡竹笋时，如果密封不到位进入杂菌，发酵过程中也会产生多余的苦味物质。
3. 泡竹笋已经变质，泡好的竹笋如果保存时沾了生水、长期放在温度偏高的环境中，很容易滋生霉菌变质，变质后的竹笋会产生带有苦味的代谢物，通常还会伴随发酸、发黏的异常情况，这种就不能继续食用了。