真菌类益生菌制剂大多需要在2-8℃的低温避光干燥环境密封储存，经过特殊耐温包埋处理的常温型制剂，可在25℃以下的阴凉环境储存，核心要规避高温、潮湿和光照破坏活菌活性。
1. 严格控制储存温度。未经过耐温处理的普通真菌类益生菌，比如常用的布拉氏酵母菌制剂，大多需要放进冰箱冷藏室保存，维持温度在2-8℃即可，注意不能放进冷冻层，极端低温会冻死活菌孢子，破坏活性；如果是明确标注了可常温保存的制剂，可以放在25℃以下的阴凉处，但夏季气温高的时候，或者长期存放的话，还是移进冰箱冷藏，别放在灶台、汽车后备箱这种持续高温的地方。
2. 做好密封防潮防护。真菌益生菌接触潮气后很容易提前激活、失活，甚至发霉变质，每次取用后必须立刻拧紧瓶盖，独立铝箔包装的要吃一袋拆一袋，不要提前拆口暴露在空气中；储存位置也要避开卫生间、厨房水槽边这种高湿度区域，大开口包装的制剂，还可以在瓶内放1包食品干燥剂后再封好，降低环境湿度影响。
3. 全程避开光照直射。紫外线会直接杀灭真菌类益生菌的活菌，不管是什么包装的制剂，都不能放在窗台、阳台这种能被阳光直晒的位置，放在密闭的抽屉、储物柜这种避光区域，哪怕是深色不透明包装的制剂，也不要长期放在透光的环境里，避免活性慢慢损耗。