胃肠功能紊乱引发肚子咕咕叫，本质是功能失调后出现了肠鸣音亢进，由蠕动异常、肠内容物状态改变共同导致的。
1，蠕动节奏异常让肠鸣声音变大。正常消化时胃肠蠕动规律柔和，肠内气体液体流动产生的声音很微弱，根本听不到。胃肠功能紊乱时，很容易出现蠕动加快、痉挛性收缩或者不规则逆蠕动，快速不规则的收缩会猛烈挤压肠里的气体和液体，让它们频繁碰撞肠壁、快速窜动，产生的声音明显变大，就能被察觉到，就是我们感觉到的咕咕叫。
2，肠腔内气体过多增加了发声概率。大部分胃肠功能紊乱的人都伴随消化不良问题，吃进去的食物没能在上消化道充分分解，进入肠道后会被菌群过度发酵，产生远多于正常量的气体；加上不少胃肠功能紊乱和情绪焦虑、压力大有关，焦虑状态下人会不自觉吞咽大量空气，额外积攒的气体在肠腔内和液体混合流动，很容易产生咕咕的气过水声。
3，敏感性和分泌异常让咕咕叫更容易被感知。胃肠功能紊乱不光影响蠕动，还会打乱消化液分泌节奏，不少患者会出现消化液分泌异常增多，肠腔内液体量增加，气体和液体碰撞产生的声音会更明显；同时长期功能紊乱的患者肠道敏感性会升高，哪怕是正常音量的肠鸣，也能被自己清晰感知到，就会总觉得肚子在咕咕叫。