肠道菌群失调和着凉是有关系的，着凉是诱发或加重肠道菌群失调的常见诱因之一。
1. 腹部着凉会直接改变肠道局部的内环境。腹部受凉后，低温刺激会让肠道平滑肌痉挛，肠道蠕动节律紊乱，还会减慢肠黏膜局部的血液循环速度，削弱肠黏膜的屏障功能。原本适合有益菌定植生长的肠内环境发生改变，有害菌就容易趁机大量繁殖，打破原本的菌群平衡。
2. 着凉会降低机体整体免疫力，影响肠道对菌群的调控能力。如果是全身受凉引发感冒等不适，身体免疫力会出现短暂下降，而肠道是人体z大的免疫器官，肠道局部免疫功能降低后，原本被压制的条件致病菌会大量增殖，有益菌的生长受到抑制，进而诱发菌群失调。
3. 着凉引发的不适症状会进一步加重菌群失调。多数人腹部着凉后会出现腹泻，快速的肠道蠕动会把肠道内原本定植的有益菌大量排出体外，导致肠道菌群的基础定植量不足，很难自行恢复原有的平衡状态，久而久之就会形成持续的菌群失调。