慢性肠胃炎和急性肠胃炎是起病特点、病因、临床表现都存在明显差异的两类消化系统疾病，二者核心区别可以从三方面清晰划分。
1. 起病与病程不同。急性肠胃炎属于突发疾病，大多在接触诱因后几小时到一天内就快速发作，病程较短，规范干预后一般3-7天就能完全康复，很少遗留长期问题；慢性肠胃炎起病隐匿，大多是长期不适逐渐加重，病程至少在2个月以上，不少患者的不适会迁延数年甚至十几年，症状反复发作，难以短时间内断根。
2. 致病原因不同。急性肠胃炎绝大多数是急性感染诱发，最常见的就是吃了被细菌、病毒污染的不洁食物、变质食物，偶尔也会因为大量吃生冷刺激食物导致急性肠胃黏膜损伤；慢性肠胃炎多是长期不良刺激累积导致，比如长期饮食不规律、嗜酒嗜辣、长期精神压力过大，也有不少患者是急性肠胃炎治疗不***，病情反复迁延发展成慢性，还有部分和免疫异常、长期肠道菌群紊乱相关。
3. 症状表现不同。急性肠胃炎症状猛烈且典型，一般会出现剧烈腹痛、频繁上吐下泻，不少患者会伴随发热、全身酸痛乏力，严重时还会出现脱水、电解质紊乱；慢性肠胃炎大多不会出现剧烈的急性发作症状，主要表现为长期的腹部隐痛、腹胀、消化不良，进食生冷、油腻、刺激食物后不适会加重，常伴随长期大便不成形，或者腹泻便秘交替的情况，症状时轻时重，反复出现。