肠道功能菌群失调是肠道微生态平衡被打破引发的紊乱问题，绝大多数情况都是可逆的，通过针对性调整大多可以完全恢复，只要及时干预不会造成严重的器质性病变。
1. 优先从饮食上调整给有益菌创造合适环境，日常要减少高糖、油炸加工食品、酒精的摄入，这类食物会促进有害菌繁殖加重紊乱；多吃全谷物、带皮新鲜蔬果、菌菇类这些富含膳食纤维的食物，给本土有益菌提供养分，同时可以每周吃2-3次低糖化的发酵食品，比如无糖希腊酸奶、自制低盐泡菜、纳豆，额外补充活性有益菌，不要选加了大量果葡糖浆的风味酸奶，起不到作用。
2. 避开会破坏菌群稳定的常见不良习惯，首先不要自行滥用抗生素，抗生素杀菌不分好坏，一次大剂量不规范用抗生素就可能打乱肠道菌群，必须用药也要在用药后及时做菌群调整；其次长期熬夜、长期压力焦虑也会影响肠道神经调节，打乱菌群节奏，尽量保持固定作息，每天抽十几分钟活动身体，帮助维持肠道正常蠕动。
3. 症状明显时要规范干预不要硬扛，如果调整生活习惯2-4周后还是有反复胀气、便秘腹泻交替、消化不良的情况，可以在消化科医生指导下选用对应适应症的益生菌制剂，不同菌株作用不同，不要盲目跟风买网红益生菌；如果伴随便血、体重下降这类异常，要及时做肠镜排查器质性病变，不要单纯当成菌群失调耽误治疗。