目前常用于辅助修复肠道黏膜的益生菌主要包括双歧杆菌、乳杆菌、枯草杆菌这几类常见菌株。
1. 双歧杆菌
它是人体肠道原生的有益菌，能够直接定植在肠道黏膜表面，形成一层天然的生物防护屏障，阻挡有害菌黏附、侵蚀肠黏膜，同时它代谢产生的短链脂肪酸，还能给肠黏膜上皮细胞提供能量，促进受损的黏膜组织新生修复，是目前修复肠黏膜最常用的核心益生菌菌株，不少临床常用的益生菌制剂都以它为主要成分，适合绝大多数存在肠黏膜轻度损伤的人群调理。
2. 乳杆菌
常见的用于修复肠黏膜的乳杆菌主要是嗜酸乳杆菌、鼠李糖乳杆菌这类，它一方面可以抑制有害菌产生炎症因子，减轻炎症对肠黏膜的持续损伤，另一方面还能刺激肠黏膜细胞分泌黏蛋白，加厚加固黏膜本身的保护层，很多腹泻、菌群紊乱后肠黏膜修复的产品都会添加这类菌株，日常喝的活性益生菌酸奶中也多含有这类菌株，适合日常轻中度的肠黏膜调理补充。
3. 枯草杆菌
它属于兼性厌氧菌，进入肠道后会先消耗受损区域多余的氧气，给双歧杆菌、乳杆菌这些厌氧菌创造适宜生长的环境，和其他益生菌协同发挥修复作用，同时它还能分泌多种消化酶，减轻肠道的消化负担，减少食物残渣异常发酵产生的有害物质对肠黏膜的刺激，临床常用它改善抗生素使用后引发的肠黏膜损伤、菌群紊乱，搭配其他益生菌使用的修复效果更突出。