1. 肠道菌群失调引发的腹腔压力变化和炎症反应会牵连胃部诱发疼痛。当肠道内有害菌大量繁殖，会产生过多气体引发肠胀气、便秘，整个腹腔压力升高后会挤压胃部，同时肠道产生的炎性介质也会波及相邻的胃组织，很容易引发胃部胀痛或者隐痛不适。
2. 菌群失调会破坏全消化道微环境，损伤胃部状态。肠道菌群紊乱往往会带动整个消化道的菌群失衡，部分有害菌可能逆流进入胃部，破坏胃黏膜原本的保护屏障，对于本身就有胃黏膜炎症、胃敏感的人群来说，就很容易直接诱发胃疼。
3. 菌群失调会通过神经调节影响胃部正常功能。肠道和中枢神经通过脑肠轴关联，菌群紊乱会干扰胃肠道植物神经的正常调节功能，不仅会导致肠道蠕动异常，还会引发胃平滑肌异常收缩痉挛，同时胃的排空速度也会变慢，食物堆积在胃里加重消化负担，进一步诱发胃疼。