肠道功能紊乱是多种因素共同作用引发的肠道功能性异常，核心诱因可归纳为饮食习惯不良、精神心理异常、肠道微生态失衡三大类。
1. 饮食习惯不良
长期三餐不规律、暴饮暴食，或者经常吃生冷、辛辣、高脂的刺激性食物，过度节食、酗酒，部分人突然更换生活环境调整饮食结构，都容易打乱肠道原本稳定的消化、蠕动节奏，刺激肠道黏膜和神经，引发功能紊乱。
2. 精神心理异常
肠道的运动分泌功能受大脑神经调节，也就是常说的脑肠轴关联。如果长期处于焦虑、紧张、抑郁的负面情绪中，或是近期压力骤增、遭遇情绪冲击，就会干扰大脑对肠道功能的调节，进而诱发紊乱，很多人一紧张就会腹痛拉肚子就是这个原因。
3. 肠道微生态失衡以及其他诱因
长期滥用抗生素、有慢性肠道炎症，或者既往有肠道感染病史，都会破坏肠道内原本平衡的菌群环境，有益菌减少有害菌增多后，直接影响肠道正常的消化吸收功能，诱发紊乱。除此之外，腹部受凉、长期熬夜、药物刺激，还有部分人天生肠道敏感度偏高，也会增加发病的可能性。