小肠菌群失调是小肠内原籍菌群的数量、种类、分布比例发生异常改变引发的病理状态，会直接损伤小肠消化吸收功能，多数情况下经过规范干预可以逆转恢复。
1. 大部分小肠菌群失调都有明确诱因，最常见的是长期滥用广谱抗生素，它会无差别杀死小肠原本的少量有益原籍菌，给有害菌繁殖创造条件；其次小肠动力不足（比如糖尿病胃轻瘫、腹部术后肠粘连）、免疫功能低下、克罗恩病这类慢性肠道疾病，也会打破小肠原本低菌群密度的平衡，让来自结肠的有害菌逆行过度繁殖。
2. 最常见的症状是吃完东西就腹胀、腹部隐痛，伴随腹泻，很多人会出现特征性的脂肪泻，就是大便偏稀、表层飘着油花，长期患病会因为营养吸收不好，出现体重下降、面色苍白的贫血、低蛋白水肿等问题，少数严重的还可能出现细菌移位，诱发腹腔甚至全身感染。
3. 干预要遵循先去因再调菌的顺序，停掉不必要的广谱抗生素，用药改善小肠动力排空问题去除根源；其次可在医生指导下用针对性抗生素短期抑制过度繁殖的有害菌，之后再补充益生菌、益生元帮助重建正常菌群；日常要注意规律吃清淡好消化的食物，少碰高糖高脂的加工食品，给正常菌群营造合适的生存环境。