正常健康人体内有益菌的数量远多于有害菌，有害菌占优只出现在菌群失衡的病理状态下。
1. 人体绝大部分菌群集中在肠道，健康状态下肠道菌群本身就维持着稳定的优势比例：有益菌比如我们常听说的双歧杆菌、乳杆菌，正常能占到肠道菌群总量的七成左右，剩下的大多是不致病的中性菌，真正的有害菌占比很低，从出生后建立正常菌群开始，就一直被有益菌压制，没法大量繁殖。
2. 只有身体出问题、菌群平衡被打破的时候，有害菌才会超过有益菌。比如长期吃高油高糖的食物、滥用抗生素、生病免疫力下降或者自然衰老，都会导致有益菌大量死亡，原本被压制的有害菌就会趁机疯长，反过来压制有益菌，这种数量反转本身就是身体发出的健康警报，不是人体的正常状态。
3. 现在很多人受不良生活习惯影响，存在轻度菌群失调的情况，大多只是有害菌占比上升，并没有真正超过有益菌的总量，只要及时调整饮食、补充有益菌就能恢复正常的优势比例，不能把这种亚健康状态当成普遍情况，得出有害菌更多的结论。