拉稀有可能导致肠道菌群失调，长期反复拉稀还容易形成恶性循环。
1. 拉稀过程本身会直接冲刷走肠道定植的有益菌。健康状态下，大量有益菌会附着在肠黏膜表面，维持着稳定的肠道微生态平衡。拉稀时肠道蠕动速度异常加快，粪便排出速度远快于正常状态，原本定植在肠道里的有益菌会跟着粪便一起被大量排出体外，导致肠道内有益菌数量骤降，原有平衡被直接打破。
2. 诱发拉稀的相关因素会进一步破坏菌群结构。如果是细菌、病毒感染引发的拉稀，入侵肠道的有害病原体本身就会在肠道大量繁殖，抢占有益菌的生存营养和定植空间，压制有益菌活性，直接改变肠道菌群的组成；如果拉稀后使用抗生素类药物治疗，还会在灭杀有害菌的同时误杀有益菌，进一步增加菌群失调的发生概率。
3. 长期反复拉稀会让菌群失调难以自行恢复。偶尔一次因为饮食不当引发的轻度拉稀，肠道通常可以自行调整恢复菌群平衡，但如果是长期慢性拉稀，或者频繁发作拉稀，肠道菌群没有足够的时间和条件调整回正常状态，就会发展成持续性的菌群失调，而菌群失调又会进一步加重腹泻症状，形成恶性循环。