不同个体之间的粪便菌群差异是非常大的。每个人的菌群组成是独特的，受到个体的遗传因素、生活方式、饮食习惯、环境等多种因素的影响。研究发现，即使是在同一个家庭或共同生活环境下的人，其粪便菌群也存在显著的差异。
这种差异主要体现在菌群的种类和丰度上。不同个体的粪便中可能会有不同类型的细菌、真菌、病毒等微生物，并且它们的相对数量也会有所不同。这也意味着，不同个体在对特定疾病的易感性、对药物的反应以及对饮食的消化吸收等方面可能存在差异。
了解不同个体的粪便菌群差异对于研究人体微生物与健康之间的关系非常重要。这种个体差异也是进行粪便移植等微生物治疗时需要考虑的因素之一。