采集肠道菌群的常用方法是通过粪便样本进行。具体操作步骤如下：
1. 准备好采集容器：使用无菌的容器，通常可以使用消毒过的塑料袋或容器。
2. 进行粪便采集：使用一次性的手套，并放置在马桶上。使用便盆或塑料薄膜覆盖马桶，以防止污染。在开始排便之前，将容器置于马桶上方并打开容器盖。在排便过程中，用勺子或便盆将适量的粪便采集到容器中。
3. 关闭容器：将盖子紧密地盖在容器上，确保容器密封。避免手部接触粪便。
4. 清洗和消毒：丢弃手套并清洗手部。如果容器外部有粪便残留，需要用消毒剂擦拭容器。
5. 存储样本：将采集好的样本放入冰箱，并尽快送往实验室进行分析。在运送过程中，要保持样本的低温，以确保菌群的完整性。
在进行肠道菌群采集前，应尽量避免摄入抗生素、益生菌等可能干扰菌群分析的药物或食物。为了确保采集到准确的菌群信息，建议在连续三天内连续采集样本，以获得更全面和稳定的结果。