乳酸菌底部出现沉淀物可能是由于以下几种原因：
1. 细菌自沉淀：乳酸菌在培养基中生长繁殖时，有时会产生一些副产物，如蛋白质、多糖等，这些物质可能会沉淀在培养基的底部。
2. 培养基成分变化：乳酸菌在培养基中生长繁殖时，会消耗掉一部分培养基中的营养物质，导致培养基成分发生变化，有些物质可能会沉淀在底部。
3. 酸性变化：乳酸菌是一种产生乳酸的菌种，当乳酸菌生长繁殖时，会产生大量的乳酸，导致培养基的酸碱度发生变化，有些物质可能会因为酸性而沉淀。
如果乳酸菌底部出现沉淀物，可以通过以下方法进行处理：
1. 轻轻搅拌：使用无菌的棒子或器皿轻轻搅拌培养基，使沉淀物重新悬浮。
2. 过滤：使用无菌滤纸或滤膜，将培养基过滤，去除沉淀物。
3. 提前更换培养基：在培养期间，如果发现底部有大量沉淀物，可以提前更换培养基，避免沉淀物对菌种生长的影响。
如果沉淀物持续出现或者出现异常情况，建议向专业人士咨询，以确定问题的具体原因。