肠道菌群中的一些有害菌包括：
1. 大肠埃希氏菌（Escherichia coli）：某些菌株可引起食物中毒。
2. 屎肠球菌（Staphylococcus aureus）：可引起皮肤炎、食物中毒等感染。
3. 鲍曼不动杆菌（Burkholderia cepacia）：对免疫系统较弱的人造成感染的风险较高，尤其是囊性纤维化患者。
4. 沙门氏菌（Salmonella）：可引起食物中毒，导致腹泻、发热等症状。
5. 福氏志贺菌（Shigella）：可引起细菌性痢疾，导致腹泻、腹痛、发热等症状。
6. 铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa）：常导致医疗相关感染，尤其是在免疫系统较弱的患者中。
7. 耐药金黄色葡萄球菌（Methicillin-resistant Staphylococcus aureus，简称MRSA）：对多种抗生素产生耐药性，可引起严重的感染。
肠道菌群中的有害菌只是其中一部分，大多数情况下，肠道菌群中的细菌对人体是有益的。