目前已知的肠道菌群种类众多，主要包括以下几类常见的菌群：
1. 基因除球菌（Bacteroidetes）：包括拟杆菌属（Bacteroides）和拟杆菌丝状菌属（Parabacteroides）等。
2. 菌门菌（Firmicutes）：包括肠球菌属（Clostridium）和假单胞菌目（Lactobacillales）等。
3. 链球菌（Actinobacteria）：主要包括双歧杆菌属（Bifidobacterium）和隐杆菌属（Actinomyces）等。
4. 放线菌（Proteobacteria）：主要包括肠杆菌属（Escherichia）和克雷伯菌属（Klebsiella）等。
5. 变形菌（Verrucomicrobia）：主要包括梭菌属（Akkermansia）等。
除了以上几类常见的菌群外，还有一些其他的菌群也被发现在肠道中，例如放线菌门（Actinobacteria）、嗜酸菌门（Fusobacteria）等。还有一类未能归属于已知菌门的菌群，被称为未分类菌门（Unclassified）或未培养菌门（Uncultured），它们的功能和影响仍然需要进一步研究。肠道菌群种类繁多，不同的人和不同的生活方式、饮食习惯等会导致菌群组成的差异。