肠道菌群取样方法主要有两种：非侵入性采样和侵入性采样。
1. 非侵入性采样：这种方法适用于一般的菌群研究。常见的非侵入性采样方法包括：
- 粪便样本采集：通过收集个体的新鲜粪便样本进行分析。这种方法简单易行，且对个体没有伤害，能够获得较为全面的肠道菌群信息。
- 电子便盆采样：通过使用带有集尿杯的电子便盆，可以收集到较为纯净的粪便样本。
2. 侵入性采样：这种方法适用于一些特殊的菌群研究。常见的侵入性采样方法包括：
- 结肠镜取样：通过直肠插管和结肠镜，将标本采集到结肠内。这种方法可以获取细菌在结肠的分布情况，但对个体有一定的伤害和不适感。
- 小肠穿刺：需要经过医生的专业操作，通过穿刺法从小肠内获取样本。这种方法对个体伤害较大，一般用于特殊研究，如炎症性肠病等。
无论是哪种方法，都需要保持样本在采集后尽快进行处理，并严格遵守消毒和无菌操作的要求，以保证菌群的准确性和可靠性。