肠道内含有众多不同种类的细菌，但主要分为两大类：
1. 有益菌：也被称为益生菌，包括双歧杆菌、乳酸杆菌、酪酸杆菌等，它们对维持肠道健康和消化功能起着重要作用。有益菌能够帮助消化食物、合成维生素、抵抗有害菌的侵袭，还能调节免疫系统功能。
2. 有害菌：也称为致病菌，包括大肠杆菌、沙门菌等，它们会引起肠道感染和炎症，导致腹泻、腹痛等不适。有害菌通常在正常情况下被有益菌控制，但当肠道菌群失衡时，有害菌的数量可能增多，从而导致疾病。
肠道内还可能存在其他种类的细菌，如肠球菌、放线菌等。肠道菌群的组成在不同个体之间也会有所差异。