判断幽门螺旋杆菌（H. pylori）已根除的常用方法有以下几种：
1. 尿素呼气试验：该方法是通过检测病人呼出的气体中是否含有尿素分解产物来判断是否存在H. pylori感染。在幽门螺旋杆菌根除后，病人呼出的气体中尿素分解产物将不再被检测到。
2. 结肠镜检查：通过结肠镜检查可以直接观察胃和十二指肠的黏膜。幽门螺旋杆菌感染导致的胃黏膜炎症、溃疡或其他病变在根除后会逐渐消失。
3. 粪便抗原检测：通过检测粪便中是否存在H. pylori抗原来判断是否存在感染。在幽门螺旋杆菌根除后，粪便中的抗原将逐渐减少或消失。
4. 血清抗体检测：通过检测血清中的H. pylori抗体来判断是否存在感染。在幽门螺旋杆菌根除后，血清中的抗体水平将逐渐下降。
5. 症状消失：幽门螺旋杆菌感染常导致胃肠道症状，如胃痛、胃灼热、消化不良等。在根除幽门螺旋杆菌后，相关症状通常会逐渐消失。
以上方法只能判断根除的可能性，无法百分之百确认。建议在根除治疗结束后，定期复查以确认是否根除成功。