炖莲藕发黑的原因可能是由于以下几个方面：
1. 莲藕过久保存或存放不当，导致表面有细菌滋生。这些细菌会分解莲藕中的淀粉等物质，产生黑色素，使莲藕表面变黑。
2. 莲藕切片后未及时放入水中浸泡，导致氧化变黑。切开的莲藕在空气中暴露时间过长，水分流失，导致氧化后变黑。
3. 炖莲藕的水可能含有铁离子，莲藕中的鞣酸受铁离子氧化后会产生黑色物质。
4. 炖莲藕的火候不当，过早加入大量酱油或其他调味料，对莲藕表面产生化学反应，使莲藕表面变黑。
为避免莲藕发黑，应选择新鲜的莲藕，注意及时处理和存放，切片后应立即放入水中浸泡，炖莲藕时火候适当，不宜加入过多的调味料。