绿豆芽变黑的原因有以下几种可能：
1. 可能是种子质量不好，或者在种植过程中受到了污染，导致种子发霉或受到了细菌感染，进而使绿豆芽变黑。
2. 在种植过程中，如果温度过高或者湿度不够，容易让绿豆芽发霉，导致变黑。
3. 如果在种植过程中没有注意清洗绿豆芽，或者使用了污染的水源，也会导致绿豆芽发霉、变黑。
4. 存储时间过长，或者存储条件不好，也会导致绿豆芽发霉、变黑。
在种植和存储绿豆芽时，要注意使用高质量的种子，保持种植环境的清洁和湿度，及时清洗绿豆芽，避免使用污染的水源，尽快食用，避免存储时间过长，也要注意存储环境。