豆芽发黑的可能原因有以下几种：
1. 处理不当：在豆芽发芽过程中，如果水分不足或温度过高、过低会导致豆芽发黑。处理不当也会导致细菌滋生，从而导致豆芽变黑。
2. 发霉：发霉是豆芽发黑的主要原因之一。豆芽在发芽的过程中，需要充足的水分和光照，如果环境过于潮湿或水质不佳，就会导致豆芽发霉。
3. 长时间存放：如果豆芽长时间存放在温度过高或潮湿的环境中，就容易发生变质，导致豆芽变黑。
4. 杂质：豆芽在生长过程中，有可能吸收到土壤或环境中的杂质，这些杂质会影响豆芽的生长，也会导致豆芽变黑。
为了防止豆芽变黑，我们可以采取以下措施：
1. 注意水质：用清洁的水浸泡豆芽，同时保持水质清洁，避免水质暗藏杂质。
2. 注意温度：控制豆芽生长的温度在适宜的范围内，避免过高或过低。
3. 及时食用：豆芽在发芽后，应该及时食用，不要长时间存放，以免变质。
4. 清洗***：在烹饪前，要对豆芽进行充分清洗，清除杂质和可能存在的细菌。