莲藕种苗保存方法如下：
1. 挑选好的莲藕种子：选择外壳完整、无损伤、无虫害的莲藕果实，去掉果肉，留下种子。
2. 洗净晾干：用流动的自来水洗干净种子，并用纱布或吸水纸将其吸干，晾至完全干燥。
3. 包装保存：将干燥的种子放入干燥、通风的纸袋或密闭的塑料袋中，放在阴凉、干燥的地方保存。
4. 温度控制：莲藕种子的适宜存放温度为15℃-20℃，不能放到高温潮湿的地方。
5. 保存时间：莲藕的种子一般可保存2-3年，但种子保存时间会受到储存条件、质量等因素的影响，所以在早春或晚秋的时候进行种子更新。