常菌群的生理作用包括：
1.帮助消化：常菌群在肠道内分解食物，产生益生菌和酸性物质，维持肠道内环境的酸碱平衡和消化道菌群的稳定。
2.促进免疫系统发挥作用：常菌群通过调节免疫系统的功能，提高免疫力，帮助预防一些疾病。
3.维持肠道屏障：常菌群在肠道内形成一层保护屏障，防止有害菌、毒素进入人体，保护肠道黏膜的健康。
4.合成维生素：常菌群合成一些人体不能自行合成的维生素（如维生素K和B族维生素），维持人体正常的生理功能。
不包括的生理作用是：通过常菌群的作用，调节人体代谢，控制血糖和胆固醇水平，预防心血管疾病等。