1. 身份：支原体是一种细菌样微生物，但不属于细菌，而是单细胞生物中的独立分支，独立成为一个界；而细菌属于真细菌。
2. 细胞结构：支原体与细菌的细胞结构存在一定的区别。支原体的细胞膜上没有脂肪酸链，仅有磷脂和胆固醇等组成。支原体的DNA相对较小，没有真正意义的细胞壁，而细菌的细胞壁分为革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌。
3. 养分：支原体能够自主合成ATP，具有代谢能力，因此能够进行分裂繁殖。而细菌则需要从外界获取养分才能进行生长和繁殖。
4. 难治性：支原体感染比细菌更难治疗，因为支原体生长缓慢，令抗生素很难到达其位于细胞内的基因组。
5. 病原性：支原体和细菌对宿主的危害程度和病症也有所不同。支原体可以导致肺炎和性病等疾病，严重者可致死，而细菌则不但有许多引起人类疾病的致病菌，而且也有许多对人类有益的细菌。