大部分情况下，肠道菌群失调完全恢复好之后，大便都会恢复正常。
1 大便异常本身大多就是肠道菌群失调直接引发的症状，当菌群恢复平衡后，有害菌过度繁殖扰乱肠道蠕动、破坏肠道黏膜环境的问题就会消除，肠道的消化吸收和排便功能也会回到正常状态，大便的性状、次数都会恢复到往常的规律。
2 少数情况下如果大便异常不是单纯菌群失调导致，还合并了其他肠道问题，比如肠易激综合征、炎症性肠病、肠道息肉等，就算菌群调整到正常状态，受原发病的影响，大便也可能仍存在不成形、排便不规律等异常，需要针对原发病进一步干预。
3 即便是菌群失调已经好转、大便恢复正常，后续也需要保持健康的饮食和生活习惯维持菌群稳定，如果持续高油高糖饮食、滥用抗生素、长期熬夜作息不规律，菌群失调很容易复发，大便也会再次出现异常。