慢性结肠炎本身不会直接引起咽喉炎，但可能在一些特殊情况下间接诱发咽喉炎发作。
1 二者没有直接的因果关联。慢性结肠炎的发病部位在结肠黏膜，发病原因多和自身免疫紊乱、肠道菌群失调、长期饮食刺激或急性炎症迁延不愈有关，病变本身局限在肠道，不会直接累及咽喉黏膜引发炎症，而咽喉炎多是局部病毒细菌感染、用嗓过度、烟酒刺激等直接因素引发，和结肠炎本身不存在直接的致病联系。
2 慢性结肠炎可通过诱发胃肠功能紊乱间接导致咽喉炎。不少慢性结肠炎患者会伴随整体胃肠功能失调，容易出现胃食管反流的问题，反流上来的胃酸和胃内容物会反复刺激咽喉部黏膜，长期刺激就会诱发反流性咽喉炎，出现咽干、异物感、咽痛等不适症状，这是临床最常见的间接诱发情况。
3 慢性结肠炎还可通过影响全身状态诱发咽喉炎。慢性结肠炎属于慢性消耗性疾病，长期患病会降低身体整体免疫力，部分患者还会因为长期腹部不适、病情反复，出现焦虑、上火、睡眠不佳的情况，这些都会进一步降低咽喉局部的抵抗力，让咽喉更易被病原体侵袭，进而诱发咽喉炎发作。