大肠中常见的细菌主要有双歧杆菌、乳杆菌、大肠杆菌、粪肠球菌、脆弱拟杆菌、产气荚膜梭菌、变形杆菌、金黄色葡萄球菌、沙门氏菌等，按对人体的作用可分为三类，具体梳理如下：
1. 有益共生菌，这类是健康大肠中的优势菌种，对人体健康有正向作用，除了双歧杆菌外，常见的还有嗜酸乳杆菌、植物乳杆菌、枯草芽孢杆菌等，它们可以抑制有害菌黏附肠道，还能合成人体需要的B族维生素，维持肠道正常的蠕动和消化功能。
2. 条件致病菌，这类细菌属于大肠的常驻共生菌，正常状态下不会危害人体，只有肠道菌群紊乱、免疫力下降时才会引发健康问题，常见的有大多数血清型的大肠杆菌、粪肠球菌、脆弱拟杆菌、普通变形杆菌等，菌群平衡时它们还能参与部分肠道代谢工作。
3. 有害致病菌，这类细菌要么少量寄生在大肠内，要么通过受污染的饮食进入肠道，大量繁殖后会直接危害肠道健康，常见的有产气荚膜梭菌、金黄色葡萄球菌、沙门氏菌、痢疾杆菌等，它们会破坏肠道黏膜屏障，引发肠道炎症、腹泻、腹痛等感染症状。