肠胃里的益生菌主要来源于出生初始定植、后天环境接触、饮食摄入三个途径，也可通过外源性补充剂额外获得。
1 第一种是出生时完成的初始定植。顺产宝宝经过妈妈产道分娩时，会接触到产道、肛周携带的有益菌群，这些菌群会随着宝宝的吞咽动作进入肠胃，成为肠胃里最早的一批益生菌；如果是剖腹产宝宝，初始益生菌大多来自产房环境、医护人员接触和妈妈皮肤，初始定植的益生菌种类和顺产宝宝会有一定差异。
2 第二种是出生后日常接触环境获得的。宝宝出生后不管是吃母乳、接触家人还是摸碰日常物品，都会有不同的微生物进入肠胃，其中能适应肠胃酸性环境、能在肠黏膜定植存活的益生菌，就会留下来不断繁殖，慢慢帮肠胃建立起稳定的益生菌群。比如母乳本身就自带少量活性益生菌，还能给益生菌提供养分，能帮宝宝完善益生菌环境。
3 第三种是后天饮食和额外补充获得的。我们日常吃的很多发酵类食物本身就含有活性益生菌，比如低温保存的活菌酸奶、纳豆、发酵泡菜、开菲尔这类，只要活性足够，部分益生菌就能在肠胃停留发挥作用；如果存在菌群失衡的情况，也可以通过专用的益生菌补充剂，额外往肠胃补充对应菌种，帮助调整菌群状态。