健康成年人肠道内的益生菌占肠道总菌群的比例通常在30%~50%之间，这一比例并非固定值，会随着年龄、身体状态、生活习惯发生较大变化。
1，年龄对益生菌占比的影响最明显。刚出生的健康婴儿，以双歧杆菌为主的益生菌能占到肠道总菌群的90%以上，随着添加辅食、年龄增长，有害菌和中性菌占比逐渐升高，益生菌占比慢慢下降，到60岁之后，很多人体内益生菌占比可能降到5%以下，远低于健康区间。
2，日常习惯会直接改变益生菌占比。长期吃高油高糖的精加工食物、频繁熬夜、滥用抗生素或者吃太多加工肉类，都会快速杀死肠道内的有益菌，导致益生菌占比大幅下降；而日常饮食均衡，常吃全谷物、发酵类食物，作息规律的人，益生菌占比更容易维持在健康水平。
3，益生菌占比的健康参考区间有差异。一般成年人只要益生菌占比维持在20%以上，就属于比较健康的肠道状态，如果占比低于10%，就更容易出现便秘、腹胀、消化不良、免疫力偏低等问题；也不是益生菌占比越高越好，成年人占比超过50%反而提示肠道菌群结构异常，属于不正常情况。