维护胃肠道菌群是通过生活干预或医学手段调节胃肠道微生态，让胃肠道内的各类微生物保持动态平衡，以此保障消化、免疫等胃肠道正常功能的健康管理行为。
1. 它的核心是维持菌群制衡状态，健康人的胃肠道内本身就同时存在有益菌、中性菌和有害菌三类微生物，正常状态下三者相互制约和平共处，维护菌群就是避免平衡被打破，防止有害菌过度增殖引发消化不良、腹泻便秘、免疫力下降等问题。
2. 日常最普遍的维护方式靠饮食调整，核心思路是给有益菌创造适宜的生存繁殖环境：一方面多吃全谷物、杂豆、带皮果蔬等富含膳食纤维的食物给体内固有有益菌提供养分，也可以适量吃酸奶、纳豆等发酵食品补充外源性有益菌；另一方面少碰高糖、高脂、过度加工的食物，避免这类食物滋养有害菌打破平衡。
3. 菌群已经出现紊乱的时候，会借助医学手段干预维护，比如长期服用抗生素后肠道菌群被药物误伤，医生一般会开对应的益生菌、益生元类制剂来帮助菌群恢复，严重的难治性菌群失调还会通过粪菌移植来重建健康的胃肠道微生态。