胃肠道功能紊乱的核心表现是消化道功能异常，无器质性病变基础，症状可累及胃肠道局部也可伴随全身异常反应。
1. 局部消化道症状：胃功能紊乱多表现为反酸、烧心、频繁嗳气、上腹部饱胀疼痛、早饱，进食少量食物就会出现明显的饱腹感，食欲也会受影响；肠功能紊乱多表现为脐周或下腹部隐痛、肚子频繁咕噜叫、腹泻或便秘，不少患者会出现腹泻和便秘交替发作的情况，大部分腹痛会在排便、排气之后明显缓解。
2. 全身伴随症状：该病多伴随植物神经功能异常，会出现不少消化道外的症状，比如长期失眠、头痛头晕、心慌乏力、情绪焦虑易怒，部分患者还会出现莫名出汗、手心发热等表现，这些全身症状往往会和胃肠不适同时加重。
3. 症状发作特点：症状容易反复发作，诱因非常明确，进食辛辣生冷刺激食物、熬夜、精神压力大、情绪波动之后症状会明显加重，调整饮食、放松休息之后又可以自行缓解，做胃肠镜、CT等常规检查一般不会发现溃疡、肿物等明显的器质性病变。