肠道菌群失调的症状以消化道不适最为常见，部分患者也会出现全身、免疫力相关的异常表现，具体如下：
1. 排便及消化道局部不适，这是最常见的表现，多数患者首先会出现排便习惯改变，比如长期便秘、反复腹泻，或是便秘和腹泻交替出现，平时经常感觉腹胀、肚子隐痛、排气增多，吃了油腻、生冷的食物后不适会明显加重，部分人还会伴随消化不良、反酸嗳气，吃少量食物就有明显的饱胀感。
2. 营养吸收异常，长期肠道菌群失调会破坏肠道的正常吸收功能，没法正常吸收食物中的蛋白质、维生素、矿物质等营养，时间久了就会出现不明原因的体重下降、全身乏力、皮肤暗黄粗糙，严重一点还会诱发营养不良性贫血，儿童长期存在这个问题，还会拖慢生长发育速度。
3. 全身及其他系统异常，肠道是人体z大的免疫器官，菌群失调后免疫力会明显下降，比普通人更容易感冒、出现过敏性鼻炎、湿疹等过敏性疾病，目前很多研究也证实，肠道菌群失调会通过脑肠轴影响情绪和睡眠，不少患者会伴随莫名的焦虑烦躁、睡眠质量下降，部分人还会反复出现口臭、口腔溃疡。