肠道菌群失调是肠道原有菌群平衡被打破引发的功能性紊乱，不属于感染性疾病；肠道感染是病原体入侵肠道引发的感染性炎症疾病，二者是完全不同的两种肠道病变。
1. 病因和本质不同。肠道菌群失调基本都是长期滥用抗生素、饮食长期不规律、年龄增长、免疫功能下降或者长期吃激素这类药物，把肠道原本互相制衡的有益菌、有害菌平衡打乱了，并没有外来致病病原体大量繁殖引发感染，本质是自身菌群比例失衡的功能问题；肠道感染本质就是病原体感染，大多是吃了被细菌、病毒、寄生虫污染的食物水，让这些病原体直接在肠道黏膜大量繁殖侵袭，引发了肠道的炎症病变，属于感染性的器质性病变。
2. 症状表现不同。肠道菌群失调大多起病缓，很多是长期反复的肠道不适，主要表现为腹胀、消化不良、便秘腹泻交替、排气增多，很少出现高烧、剧烈腹痛、脓血便这类严重反应，只有极少数严重失衡才会出现轻度发热；肠道感染大多起病很急，基本都有不洁饮食或者接触传染源的病史，短时间内就会出现剧烈腹痛、上吐下泻，多数伴随高烧，不少还会拉脓血便或者严重水样便，全身不适症状非常明显。
3. 处理原则不同。肠道菌群失调的核心调理方向是恢复菌群平衡，一般只需要补充益生菌、调整饮食结构、停用诱发失衡的药物比如不必要的抗生素，就能慢慢恢复，完全不需要用抗感染药物；肠道感染的核心是控制病原体，细菌、寄生虫感染需要针对性用抗感染药物，严重的病毒感染也需要对应抗病毒处理，同时还要对症补液预防脱水，不干预控制感染的话，症状很难自行缓解，还可能引发脱水、败血症等严重并发症。