紫菜呈现绿色大多是本身色素特性、存放中色素分解导致的正常现象，仅少数情况是变质或不当染色导致的。
1. 本身品种和生长阶段的天然特性。紫菜细胞内同时含有叶绿素、藻红蛋白、藻蓝蛋白等多种显色物质，不同品种、不同生长阶段的紫菜色素占比并不相同。多数嫩紫菜、早头茬紫菜的藻红蛋白含量偏低，叶绿素的绿色占显色主导，本身天生就是偏绿色的，属于正常的品种和生长特性，并不是异常情况。
2. 干制保存过程中的正常色素变化。刚加工好的干紫菜大多偏深紫褐色，此时藻红蛋白还保持活性，盖住了叶绿素的颜色。但藻红蛋白对光线、高温都很敏感，干紫菜在保存过程中如果接触光照、环境温度偏高，藻红蛋白会逐渐分解失色，原本就存在的叶绿素绿色就会显现出来，让紫菜整体变绿，这是正常的物理变化，不影响正常食用。
3. 少数异常情况导致的变绿。如果紫菜变绿的伴随有发黏、霉味、哈喇味等异常，说明紫菜受潮已经变质，微生物繁殖改变了原有色素结构，这种紫菜就不能再吃了；还有极少数情况是不良商家用劣质原料染色牟利，这种紫菜泡入水中后，清水会变成明显的深绿色，属于异常情况，不要购买食用。