绿豆芽变黄主要是缺光影响叶绿素合成、环境温湿度不适、病菌侵染或自然老化这几个原因导致的。
1、缺光导致叶绿素合成受阻。绿豆发芽生长需要光照才能合成叶绿素，很多人在家发豆芽时会全程遮光催芽，长期处于完全不见光的环境中，叶绿素无法正常生成，豆芽就会慢慢从嫩白色变成浅黄色，这种属于正常的生理性黄化，没有毒性也不影响食用，只要把豆芽移到散射光环境放几个小时，就能慢慢转回绿色。
2、环境温湿度不适引发生长异常。发绿豆芽的适宜温度在20-25℃之间，如果环境温度长期低于15℃，豆芽生长停滞，茎叶会逐渐发黄；如果温度长期高于30℃，再加上浇水太多造成容器积水闷根，豆芽根系受损后无法正常输送水分和养分，整株就会发黄变软，严重时很快就会腐烂。
3、病菌侵染或自然老化导致发黄。发豆芽前如果没有给容器和绿豆做清洗消毒，容易残留各类病菌，在高温高湿的生长环境下病菌大量繁殖侵染豆芽，就会引发豆芽发黄腐烂，还会伴随酸臭异味；另外豆芽生长全靠绿豆本身储存的养分供给，生长时间过长、养分完全消耗后，豆芽就会自然老化变黄，口感也会变柴变差。